哥斯拉决战太空哥斯拉

打败机械哥吉拉之后，哥吉拉带著婴儿哥吉拉来到位在南太平洋的巴斯岛上，并且将这块孤立的土地当做牠们的家。一年后，一颗奇怪的陨石从天空掉在岛上，触发了一联串不寻常的事。从陨石里长出的神秘水晶形成火山口状，无数谜样的水晶体随著一种奇异的能量开合。 Ｇ对策中心为了打败哥吉拉，同时进行了两个计划，分别是制造打败哥吉拉的新型战斗兵器「机械土龙」(M.O. G.E. R.A. ) 为主的「Ｍ计划」，与透过精神控制操控哥吉拉的行动的「Ｔ计划」，对于「击溃哥吉拉」这件事抱持著强烈信念的Ｇ部队队员结城，打著以小哥吉拉为诱饵引出哥吉拉的方法在巴斯岛上布置了无数陷阱与地道。此时，为了支援Ｔ计划而来到岛上的新城功二与佐藤清志，在岛的中央处发现了无数谜样的水晶体林立，于是两人对此展开调查。另一方面，超能力者三枝未希则接收到了化身为精灵魔斯拉型态的小美人姐妹传来带有不吉祥意味的讯息。 正当Ｇ部队因为完成机械土龙而热血沸腾的当下，以地球为目标的巨大怪兽却正急速逼近，而这只怪兽的真实身分是由飞散到宇宙的Ｇ细胞产生变异而诞生的宇宙怪兽：太空哥吉拉。 为了阻挡太空哥吉拉，G 部队出动机械土龙，却被太空哥吉拉轻松打败，降落到巴斯岛上的太空哥吉拉，也在与哥吉拉首次的对峙中以强横的实力压倒哥吉拉，并使用结晶体把小哥吉拉给制伏。 大久保博士也因为Ｔ计划失败而被Ｇ对策中心除名，不甘心的大久保博士选择与犯罪组织勾结绑架了身为 T 计划核心人物的未希，打算控制哥吉拉来进行犯罪. . . . . . 此时太空哥吉拉对日本各地发动攻击，最后选择了福冈作为登陆地点。回到日本的新城功二等人，将与大久保勾结的组织一网打尽，救出受困的未希。 而完成修理、强化，并以太空哥吉拉为首要目标再次出战的机械土龙，以及从鹿儿岛湾登陆北上的哥吉拉，与太空哥吉拉三者将以福冈当做舞台进行决战。